Ultimate Spider-Man отличается от оригинального комикса как сюжетом в целом, так и стилистикой написания. Например, на становление Питера Паркера Человеком-Пауком в комиксе «The Amazing Fantasy» ушёл один неполный комикс, а в Ultimate на это ушло 7 номеров и история получилась более чёткой, насыщенной и жизненной. Первые 30 номеров подавались в стиле единого длинного сюжета, к которому добавлялись такие мелочи, как враги, новые персонажи, любовные линии и т.п., но начиная с сюжета про Венома сюжеты стали разбиваться на мини-серии по 4 - 7 номеров (что очень характерно для комиксов), в мини-сериях обычно присутствует основной враг или же группа врагов, а также некая линия отношений между персонажами, и концом мини-серии является победа над врагом и кульминация или развитие отношений между персонажами.